Vom 17. bis ins 19. Jahrhundert war Köthen 250 Jahre lang sogar ein selbständiges Territorium mit einem Herrschaftsgebiet, das noch nicht einmal die Größe des heutigen Landkreises Köthen erreichte.

Die älteste Kirche des Stadtgebietes im kürzlich eingemeindeten Großwülknitz stammt aus dem 12. Jahrhundert. Die gut 600 Jahre alte Stadt- und Kathedralkirche St.Jakob hat ihre Wurzeln weit in vorreformatorischer Zeit.

Bereits 1533 wurde in der Stadt die Reformation eingeführt. Die Verbindung zum nahegelegenen Wittenberg war eng. Das anhaltische Fürstenhaus bekannte sich ebenso wie die Bürgerschaft zum Luthertum. 1606 schloss sich Köthen durch sein Fürstenhaus der reformierten evangelischen Richtung an. Lutherische Traditionen bleiben im Kirchenvolk jedoch erhalten und 1699 wurde mit St. Agnus eine Kirche für die Lutheraner errichtet – sicherlich ein Umstand, der es Johann Sebastian Bach erleichterte, sich für die Stelle des Hofkapellmeisters am Köthener Schloss zu entscheiden. Die innerprotestantischen Auseinandersetzungen wurden nach 300 Jahren friedlich beigelegt. Die „Konsens-Union“, die freiwillige Vereinigung von Lutheranern und Reformierten in Anhalt fand mit dem Beitritt der Köthener Jakobsgemeinde im Jahr 1880 ihren Abschluss.

Eine katholische Kirche wurde erst im Jahr 1832 wieder geweiht. Der damalige Fürst Ferdinand war zum Katholizismus übergetreten. Heute leben evangelische und katholische Gemeinde auch in Köthen in guter Nachbarschaft.

Kirche und Staat bzw. Kirche und Stadt waren über Jahrhunderte selbstverständlich und eng miteinander verbunden. Erst die Zeit der nationalsozialistischen Diktatur und im Anschluss daran die 40 Jahre DDR mit einem dezidiert kirchenfeindlichen Staat führten zu einem massiven Rückgang der Volkskirchlichkeit. Heute gehören etwa 17 Prozent der Einwohnerschaft zu einer der evangelischen Gemeinden und weitere 4 Prozent einer anderen christlichen Gemeinschaft.

Köthen ist Sitz des gleichnamigen Kirchenkreises, zu dem im Norden die Orte um Kleinpaschleben, Drosa und Osternienburg, im Süden die um Prosigk, Weißandt-Gölzau, Görzig, Gröbzig, Wörbzig und Preußlitz gehören. Gemeinsam mit den Kirchenkreisen Ballenstedt, Bernburg, Dessau und Zerbst bildet der Kirchenkreis Köthen die Evangelische Kirche Anhalts. Diese ist die kleinste Landeskirche im Bereich der Evangelischen Kirche in Deutschland.

Im Südeingang der Kirche findet sich mit der Statue des Namenspatrons der Kirche aus der ersten Hälfte des 12. Jahrhunderts das älteste Kunstwerk Köthens. Berühmt ist die nahezu im Originalzustand erhaltene Ladegast-Orgel von 1872. Die Fürstengruft beherbergt die fast vollständige Grablege des Fürstenhauses Anhalt-Köthen.

Von Mai bis Oktober sowie zu den hohen Feiertagen finden in der Kirche die Gottesdienste der St. Jakobs-Gemeinde statt. Darüber hinaus ist sie Ort zahlreicher kirchenmusikalischer Aufführungen.

Die Kirche ist von Mai bis Oktober Dienstag bis Sonntag von 11.00 bis 15.00 Uhr zur Besichtigung geöffnet. Der Aufstieg zur 43m hohen Brücke zwischen den Doppeltürmen ist möglich.

Ein Ort der Stille bietet Gelegenheit zum Gebet und zum Anzünden von Kerzen. Kirchenführungen finden nach Vereinbarung statt.

Besichtigungen der Fürstengruft mit 40 Prachtsärgen aus zweieinhalb Jahrhunderten sind jeweils am ersten Sonnabend des Monats um 15.00 Uhr sowie nach Absprache möglich.